# Execution Summary - System-Restructuring

## restructure_task_02.md

# Log Eksekusi Restrukturisasi - Fase 2 (Migration)

## Tanggal Eksekusi
4 Mei 2026

## Deskripsi Eksekusi
Telah dilakukan eksekusi Fase 2 berdasarkan dokumen rencana `restructure_to_fastapi_plan.md`. 
Fase ini memfokuskan pada pemindahan skrip-skrip utilitas CLI ke folder khusus dan memigrasikan logika inti aplikasi ke dalam struktur `app/services/` khas FastAPI.

## Langkah yang Dilakukan
1. **Pemindahan Skrip CLI**:
   - `setup_indexes.py` -> `scripts/`
   - `drop_indexes.py` -> `scripts/`
   - `rebuild_edges_existing_nodes.py` -> `scripts/`
   - `reset_similarity_edges.py` -> `scripts/`
   - `query_similarity.py` -> `scripts/`
   - `embed_and_ingest.py` -> `scripts/`
   - Skrip pengujian (`test_performance.py`, `test_scilit_parsing.py`, `regression_corpus_check.py`, `edge_reasoning_quality_gate_check.py`) dipindahkan ke `scripts/`.
2. **Pemindahan Layanan Inti**:
   - Direktori `core/parser` dan `core/storage` telah dipindahkan ke `app/services/`.
   - File utama `orchestrator_ingest.py` dipindahkan dan diubah namanya menjadi `app/services/ingestion.py`.
   - File utama `calculate_pagerank.py` dipindahkan dan diubah namanya menjadi `app/services/pagerank.py`.
3. **Pembersihan Direktori**:
   - Direktori `core/` yang telah kosong berhasil dihapus dari sistem.

## Acceptance Criteria yang Terpenuhi
- Seluruh file skrip utilitas CLI berhasil dipindahkan dengan sempurna ke direktori `scripts/`.
- Modul *parser*, *storage*, *ingestion*, dan *pagerank* kini berlokasi rapi di dalam *layer business logic* (`app/services/`).

## Status
Fase 2 dieksekusi dengan sukses.

## restructure_task_03.md

# Log Eksekusi Restrukturisasi - Fase 3 (Refactoring Import Path)

## Tanggal Eksekusi
4 Mei 2026

## Deskripsi Eksekusi
Telah dilakukan eksekusi Fase 3 berdasarkan dokumen rencana `restructure_to_fastapi_plan.md`. 
Fase ini memfokuskan pada pembersihan dan perbaikan seluruh jalur pemanggilan *import* yang rusak akibat perpindahan direktori pada Fase 1 dan 2, serta memastikan jalur file lokal (seperti referensi direktori `Literature/`) dimodifikasi dengan tepat pada file-file *scripts*.

## Langkah yang Dilakukan
1. **Refactor Pemanggilan `core.` menjadi `app.services.`**:
   - Seluruh direktori `app/services/` dan `scripts/` dipindai menggunakan *Regex* pencarian teks.
   - Mengganti referensi `from core.parser` menjadi `from app.services.parser`.
   - Mengganti referensi `from core.storage` menjadi `from app.services.storage`.
2. **Refactor Pemanggilan `orchestrator_ingest` menjadi `app.services.ingestion`**:
   - Nama modul yang dulunya berada di _root_ telah bergeser ke dalam hierarki _package_. Semua skrip `test_*.py` di folder `scripts/` yang menggunakan teknik _monkeypatching_ (`patch('orchestrator_ingest...')`) diubah merujuk ke namespace `app.services.ingestion`.
   - Mengubah rujukan impor `import orchestrator_ingest as orch` menjadi `import app.services.ingestion as orch`.
3. **Perbaikan Path Direktori Relatif (`Literature/`)**:
   - Karena skrip sekarang berada di folder `scripts/`, jalur statis `"Literature/"` di dalam file `test_performance.py`, `test_scilit_parsing.py`, dan `test_task7_end_to_end.py` di-_update_ menjadi `"../Literature/"`.
   - Hal yang sama juga diterapkan pada file sumber utama yang kini berada di `app/services/ingestion.py` agar mencari mundur ke *root directory* menggunakan `os.path.join(os.path.dirname(os.path.dirname(__file__)), "..", "Literature")`.
4. **Sanity Check**:
   - Menjalankan `python3 -m py_compile` pada seluruh folder *services* dan *scripts* untuk memvalidasi bahwa tidak ada kegagalan sintaks atau _ModuleNotFoundError_ akibat kegagalan resolusi modul saat kode diinterpretasi oleh Python. Tes mengonfirmasi lolosnya fase interpretasi kompilasi.

## Acceptance Criteria yang Terpenuhi
- Kode tidak mengalami bentrokan jalur _import_ (_clean import path_).
- Skrip dapat membaca *path* ke _file_ sumber referensi (PDF) dengan akurat dari lokasi baru.

## Status
Fase 3 dieksekusi dengan sukses.

## restructure_task_04.md

# Log Eksekusi Restrukturisasi - Fase 4 (Validation / Dry-Run)

## Tanggal Eksekusi
4 Mei 2026

## Deskripsi Eksekusi
Telah dilakukan eksekusi Fase 4 berdasarkan dokumen rencana `restructure_to_fastapi_plan.md`. 
Fase ini adalah langkah final yang bertujuan untuk memvalidasi bahwa seluruh *refactoring* jalur impor (import path) dan jalur *file* (file path) berjalan sempurna ketika skrip dijalankan dari lokasi asalnya yang baru.

## Langkah yang Dilakukan
1. **Python Interpretability Validation**:
   - Menjalankan uji *sanity check* modul melalui *interpreter* dengan skrip: `PYTHONPATH=. python3 -c "import app.services.ingestion; import app.services.pagerank; print('✅ Sanity Check: All main services imported successfully.')"`
   - Uji ini memvalidasi bahwa ruang lingkup impor antar file `.py` di dalam struktur baru terhubung tanpa adanya pemutus (tidak ada `ModuleNotFoundError`).
2. **Eksekusi Skrip Maintenance Langsung (`query_similarity.py`)**:
   - Skrip yang berlokasi di direktori baru dieksekusi secara langsung: `PYTHONPATH=. python3 scripts/query_similarity.py`
   - Eksekusi ini berhasil terhubung ke *database* Neo4j, menarik semua node dan relasi dari graf pengetahuan yang ada, serta menampilkannya di *console* terminal dengan *formatting* yang sesuai (seperti sebelum direstrukturisasi).
   - Skrip berhasil memuat konfigurasi variabel lingkungan `.env` serta mengenali pustaka `neo4j` dengan baik dari posisi *path* saat ini.

## Acceptance Criteria yang Terpenuhi
- Proses eksekusi pada skrip tidak memicu gagal interpretasi alias `ModuleNotFoundError`.
- Fungsionalitas aplikasi dan alur data tetap bekerja sebagaimana mestinya (terbukti dengan keluaran visualisasi terminal yang menampilkan struktur relasi *graph*).

## Status
Fase 4 dieksekusi dengan sukses. Restrukturisasi kode selesai secara keseluruhan.
